Choć historia miejsca sięga XI wieku, to kilka osób zdaje sobie sprawę, iż do naszych czasów kilka pozostało z tamtego okresu. Jest to zaledwie kilka romańskich fragmentów.
Początkowo, wybudowany na wzniesieniu Łysiec, kościół nosił wezwanie św. Trójcy. Dopiero gdy w 1306 roku Władysław Łokietek przekazał tamtejszym mnichom relikwie pochodzące z krzyża na Golgocie, kościół i klasztor zmieniły patrona. Od tego czasu „Święty Krzyż” stał się sanktuarium, do którego pielgrzymowali najznamienitsi.
W XV wieku kościół i klasztor zostały przebudowane w stylu gotyckim. Niestety niedługo potem zabudowania poważnie uszczuplił pożar, konieczne więc były kolejne prace budowlane.
W połowie XVII wieku rozpoczęto kolejną przebudowę, ale kres pracom budowlanym położy „potop szwedzki”. Bazylikę złupiono, a mnichów wymordowano.
Gdy po raz kolejny odbudowano kościół i klasztor, a choćby dobudowano nowe skrzydło klasztorne przyszła kolejna katastrofa. Pożar wywołany w 1777 r. uderzeniem pioruna pochłonął zabudowania klasztorne i kościół, a mnichom udało się uchronić tylko relikwie i bibliotekę.
Wybudowano więc trzeci kościół, który został konsekrowany w 1806 roku.
Historię Świętego Krzyża przedstawiamy w najnowszym odcinku audycji „Moc historii”.